Wchłanianie końcowych produktów trawienia składników pokarmowych odbywa się w jelicie cienkim. Powierzchnia wchłaniania wynosi około 200m. Uzyskanie tak dużej powierzchni jest możliwe dzięki pofałdowaniu błony śluzowej jelit (3-krotne zwiększenie powierzchni wchłaniania), istnieniu kosmków jelitowych, czyli palczastych uwypukleń (8-10-krotne zwiększenie powierzchni), oraz istnieniu mikrokosmków (tworzących tzw. rąbek szczoteczkowy) na powierzchni enterocytów, czyli komórek tworzących powierzchnię błony śluzowej jelit (15-40--krotne powiększenie powierzchni). Mikrokosmki oddziela od światła jelita warstwa glikoprotein tworzących glikokaliks. Pozwala on na wyłączenie produktów trawienia z treści jelitowej oraz na ich końcowe trawienie za pomocą obecnych w nim enzymów (enteropeptydazy, amino-peptydazy, dipeptydazy, maltazy, laktazy, sacharazy, alfa-granicznej dekstrynazy i innych). Jest również barierą dla drobnoustrojów, które mogłyby wykorzystywać produkty trawienia dla swoich potrzeb. Istnieją cztery mechanizmy wchłaniania:
• dyfuzja prosta - kiedy substancje przenikają przez błony enterocytów bez żadnego pośrednictwa (alkohol, niektóre witaminy),
• dyfuzja ułatwiona (transport aktywny pierwotny) - kiedy substancje przenikają ze specjalnych przenośników (fruktoza),
• transport aktywny wtórny - kiedy substancje potrzebują nie tylko specjalnych przenośników, ale i obecności jonów sodu i dostarczania energii (glukoza),
• pinocytoza - transport z wykorzystaniem miceli - kiedy substancje muszą być odpowiednio opakowane, aby były wchłonięte (kwasy tłuszczowe).